扎藏寺是一座历史悠久，风景如画的古老寺院。扎藏寺建于东汉延康元年（220年），据今有1700多年的历史。相传，有一位姓唐的僧人隐居在莫尔吉河那里，颇有道行。他曾给后人留下了行禅房一间，槟木念珠一串。到了唐代，此寺属阿夏所管，文成公主进藏时，吐古浑首领们在这里迎候，传说，文成公主赠送了不少东西和钱锦。有“古寺多情留住客，苍山不语蒙僧忙”之说。由蒙古族在此寺南修了一座“雁静房”，俗称“塔燕”，供奉石牛的护法神一尊。当时他们信奉的是藏传佛教的萨迦派。明万历六年（1578年）三世达赖喇嘛来青海，扎藏寺主请达赖来寺讲经，因当时寺院翠柏参天， 匝地成林，阻山临水，讲经无法进行，在稍下的青稞滩上接待了达赖喇嘛。这时的扎藏寺金盘炫目，光照云表，宝绎含风，响在天外。从此以后，扎藏寺改宗格鲁派，黄教又在这里兴盛起来。 

        明末崇祯十年（1637年）在蒙古王固始汗的支持下，由五世达赖的高徒扎藏曲结正式建成了“扎藏克”——扎藏寺藏语称“扎藏具喜法轮洲”。清康熙三十六年（1697年），二世章嘉活佛进藏路过青海时，劝青海王公归顺清朝。从此每年正月初一各王公到北寺同王公会盟，然后祭海。这时扎藏寺成为“王府”清朝也在此设立行宫，处理青藏大事。 

        清同治期间，扎藏寺在各民族矛盾中遭到毁灭性破坏，除大殿外，其它大小经堂包括九层经塔化为灰烬。清光绪元年（1875年）却藏活佛重修了扎藏寺，重修了的扎藏寺规模虽没有过去那样宏大，但扎藏寺声望仍然很高，是蒙藏信徒进行佛事活动的中心。

        扎藏寺虽然是一座蒙古族的黄教寺院，但是各地的藏族对此寺院也很敬仰，经常有来自青、甘、川等地的藏族善男信女来寺点灯烧香，十分虔诚。

      现在扎藏寺佛事活动频频进行，僧人诵经朗朗有声，每年夏日，数以万计的游人利用假日前来旅游观光，领略这千年古刹的历史遗迹和美妙奇特的风格。